יתקבלו לתכנית בוגרי תואר ראשון (B.Sc) במדעי החיים, מדעי הרפואה, מדעים מדוייקים, או הנדסה ממוסד מוכר להשכלה גבוהה בארץ או בחו"ל. תדרש הצטיינות בלימודים, עם ממוצע ציונים של 80 לפחות. ציון של 85 ידרש במקצועות המתמטיים (כולל מתמטיקה, סטטיסטיקה, פיזיקה, כימיה וכו׳). מועמדים נדרשים ראשית לפנות לאחד מהחוגים הביולוגיים בפקולטה למדעי הטבע:
על הסטודנטים להתקבל לחוג ולמצוא מנחה לתזה מאותו חוג. עבודת התזה צריכה לכלול מרכיב חישובי משמעותי. לאחר מכן הסטודנטים יוכלו להרשם לתכנית לביואינפורמטיקה.