התמחות בביואינפורמטיקה
את ההתמחות ניתן לעשות כחלק מהלימודים לתואר שני בכל אחד מהחוגים הביולוגיים: ביולוגיה אבולוציונית וסביבתית, ביולוגיה של האדם, ביולוגיה ימית, או נוירוביולוגיה. ההתמחות בביואינפורמטיקה כוללת 12 שש"ס של קורסי חובה (כולל קורסי חובת-בחירה). במקביל ילמדו הסטודנטים קורסים מהחוג הרלוונטי ובהתאם לדרישות מסלול הלימודים של אותו חוג. כמו כן, ניתן לקחת קורסי בחירה בביואינפורמטיקה, שיספרו במניין השש"ס הכולל לתואר. הרכבת תכנית הלימודים תהיה בתיאום עם המנחה של עבודת הגמר ודורשת את אישור המנחה והחוג של הסטודנט/ית.
קורסי חובה
שם הקורס | מרצה | היקף | מס' קורס |
סמסטר א': |
| ||
איל פריבמן, מרטין מיקל | 4 שש"ס | 221.4425 | |
דוד דויטש | 3 שש"ס | 221.4433 |
* הקורס בתכנות הוא חובה למי שלא למד תכנות בתואר הראשון. סטודנטים שלמדו תכנות יכולים לבקש פטור.
קורסי חובת-בחירה
נדרשות 12 שש"ס בסך הכל, כולל את קורס החובה, קורס התכנות, וקורסים מתוך הרשימה הבאה. קורס המבוא הוא דרישת קדם לכל קורסי חובת-הבחירה.
| שם הקורס | מרצה | היקף | מס' קורס |
| סמסטר א': | |||
| אלגוריתמים בגנומיקה חישובית | שגיא שניר | 3 שש"ס | 221.4424 |
| בקרת גנים במהלך התפתחות עוברית ובאבולוציה (פעם בשנתיים; יועבר בתשע"ח) | סמדר בן טאבו דה-לאון | 2 שש"ס | 227.4018 |
| ביואינפורמטיקה מבנית – מפונקציה ועד לתכנון תרופות | מיקי קוזלוב | 3 שש"ס | |
| סטטיסטיקה בשפת R | ערן טאובר | 3 שש"ס | 221.5408 |
| מיפוי גנומי | איל פריבמן | 2 שש"ס | 221.4406 |
| מיקרוביולוגיה ימית | דניאל שר | 2 שש"ס | 227.4006 |
| סמינר מחקר בביולוגיה כמותית ומודלים | דניאל שר | 2 שש"ס | |
| בין הסמסטרים: סדנא בביואינפורמטיקה (ראו למטה) | דניאל שר, איל פריבמן | 3 שש"ס | |
| סמסטר ב': | |||
| שיטות הסתברותיות בגנומיקה | שגיא שניר | 3 שש"ס | 221.4420 |
| יסודות האבולוציה המולקולרית | איל פריבמן | 2 שש"ס | 221.4412 |
| שעונים ביולוגיים | ערן טאובר | 2 שש"ס | 221.4023 |
| אבולוציה מיקרוביאלית | שרית אברני | 2 שש"ס | 221.4022 |
| יישומים של למידת מכונה בביולוגיה | דוד דויטש | 3 שש"ס | 222.4036 |
| יישומים של למידת מכונה ברפואה | אורטל דיין | 3 שש"ס | 286.4112 |
| בקיץ: סדנת קיץ במדעי הנתונים | דוד דויטש | 3 שש"ס |
סדנא מרוכזת
כל שנה בחופשת הסמסטר נלמד סדנא מרוכזת בביואינפורמטיקה לאורך שבוע (חמישה ימים מלאים).
8-12/2/2015: Workshop on Environmental Genomics and the Human Microbiome
סדנא על ריצוף גנומי של דוגמאות סביבתיות (בשיטות Next Generation Sequencing) וניתוח של נתונים מסוג זה לצורך השוואת ביטוי גנים.
21-25/2/2016: Transcriptomics workshop
סדנא על ריצוף רנ״א (בשיטות Next Generation Sequencing) וניתוח של נתונים מסוג זה לצורך השוואת ביטוי גנים.
5-9/2/2017: Workshop on omics of non-model organisms
סדנא על ריצוף גנומי של מינים חדשים (בשיטות Next Generation Sequencing) הרכבת הרצפים (assembly) וזיהוי גנים (annotation).
18-22/2/2018: Workshop on statistics and data visualization for omics
סדנא על אנליזות סטטיסטיות והצגת גרפית של נתונים מריצוף גנומי/טרנסקריפטומי/מטה-גנומי (בשיטות Next Generation Sequencing).
17-21/2/2019: Workshop on omics of environmental and host-associated microbiomes
סדנא על ריצוף גנומי של דגימות מיקרוביאליות מהסביבה או מגופם של מאחסנים (בשיטות Next Generation Sequencing) ניתוח הרצפים ואנליזות סטטיסטיות.
9-13/2/2020: Transcriptomics workshop
סדנא על ריצוף רנ״א (בשיטות Next Generation Sequencing) וניתוח של נתונים מסוג זה לצורך השוואת ביטוי גנים.
14-18/2/2021: Workshop on multi-omics and machine learning
סדנא על כלים מתקדמים לניתוח משולב של סוגים שונים של נתונים גנומיים, כולל שימוש בשיטות למידת מכונה.
2022: איל ודניאל בשבתון
29/1-2/2/2023: From genome to metabolism
סדנא שתתמקד בשימוש בפלטפורמה של BioCyc להסקת רשתות מטאבוליות ובניה של מודלים מטאבוליים.
17-21/3/2024: Workshop on population genomics
סדנא על שימוש בשיטות ריצוף גנומי של דוגמאות מאוכלוסיות ואנליזות של גנטיקה (גנומיקה) של אוכלוסיות.
* לפרטים ניתן לפנות לאיל פריבמן ודניאל שר.