התמחות בביואינפורמטיקה

את ההתמחות ניתן לעשות כחלק מהלימודים לתואר שני בכל אחד מהחוגים הביולוגיים: ביולוגיה אבולוציונית וסביבתית, ביולוגיה של האדם, ביולוגיה ימית, או נוירוביולוגיה. ההתמחות בביואינפורמטיקה כוללת 12 שש"ס של קורסי חובה (כולל קורסי חובת-בחירה). במקביל ילמדו הסטודנטים קורסים מהחוג הרלוונטי ובהתאם לדרישות מסלול הלימודים של אותו חוג. כמו כן, ניתן לקחת קורסי בחירה בביואינפורמטיקה, שיספרו במניין השש"ס הכולל לתואר. הרכבת תכנית הלימודים תהיה בתיאום עם המנחה של עבודת הגמר ודורשת את אישור המנחה והחוג של הסטודנט/ית.

קורסי חובה

שם הקורס

מרצה

היקף

מס' קורס

סמסטר א':

 

 

 

תכנות Python לביולוגים*

איל פריבמן

3 שש"ס

 

סמסטר ב':

 

 

 

שיטות מחקר בביואינפורמטיקה

מרטין מיקל, אורי הרשברג

4 שש"ס

 

* הקורס בתכנות הוא חובה למי שלא למד תכנות בתואר הראשון. סטודנטים שלמדו תכנות יכולים לבקש פטור.

קורסי חובת-בחירה

נדרשות 12 שש"ס בסך הכל, כולל את קורס החובה, קורס התכנות, וקורסים מתוך הרשימה הבאה. קורס המבוא הוא דרישת קדם לכל קורסי חובת-הבחירה.

שם הקורסמרצההיקףמס' קורס
סמסטר א':   
אלגוריתמים בגנומיקה חישוביתשגיא שניר3 שש"ס 
מבוא לעיבוד נתונים ב-fMRIאבי מנדלסון2 שש"ס 
מבוא לתכנות בשפת Rערן טאובר3 שש"ס 
מיקרוביולוגיה ימית
דניאל שר2 שש"ס 
בין הסמסטרים: סדנא בביואינפורמטיקה (ראו למטה)דניאל שר, איל פריבמן3 שש"ס 
סמסטר ב':   
ביואינפורמטיקה וביופיזיקה מבניתמיקי קוזלוב4 שש"ס 
מורכבותו של ביטוי גניםמרטין מיקל3 שש"ס 
מיפוי גנומי (לא ינתן בתשפ״ה)איל פריבמן2 שש"ס 
יסודות האבולוציה המולקולריתאיל פריבמן2 שש"ס 
שעונים ביולוגיים – קורס מתוקשבערן טאובר2 שש"ס 
אבולוציה מיקרוביאליתשרית אברני2 שש"ס 
ישומי למידת מכונה בביולוגיהדוד דויטש3 שש"ס 
 למידת מכונה: יישום בתחום הבריאותאורטל דיין4 שש"ס 
סמינר מחקר בביולוגיה כמותית ומודלים
דניאל שר2 שש"ס 
בקיץ: סדנת קיץ במדעי הנתוניםדוד דויטש3 שש"ס 

סדנא מרוכזת

כל שנה בחופשת הסמסטר נלמד סדנא מרוכזת בביואינפורמטיקה לאורך שבוע (חמישה ימים מלאים).

8-12/2/2015: Workshop on Environmental Genomics and the Human Microbiome
סדנא על ריצוף גנומי של דוגמאות סביבתיות (בשיטות Next Generation Sequencing) וניתוח של נתונים מסוג זה לצורך השוואת ביטוי גנים.

21-25/2/2016: Transcriptomics workshop
סדנא על ריצוף רנ״א (בשיטות Next Generation Sequencing) וניתוח של נתונים מסוג זה לצורך השוואת ביטוי גנים.

5-9/2/2017: Workshop on omics of non-model organisms
סדנא על ריצוף גנומי של מינים חדשים (בשיטות Next Generation Sequencing) הרכבת הרצפים (assembly) וזיהוי גנים (annotation).

18-22/2/2018: Workshop on statistics and data visualization for omics
סדנא על אנליזות סטטיסטיות והצגת גרפית של נתונים מריצוף גנומי/טרנסקריפטומי/מטה-גנומי (בשיטות Next Generation Sequencing).

17-21/2/2019: Workshop on omics of environmental and host-associated microbiomes
סדנא על ריצוף גנומי של דגימות מיקרוביאליות מהסביבה או מגופם של מאחסנים (בשיטות Next Generation Sequencing) ניתוח הרצפים ואנליזות סטטיסטיות.

9-13/2/2020: Transcriptomics workshop
סדנא על ריצוף רנ״א (בשיטות Next Generation Sequencing) וניתוח של נתונים מסוג זה לצורך השוואת ביטוי גנים

14-18/2/2021: Workshop on multi-omics and machine learning
סדנא על כלים מתקדמים לניתוח משולב של סוגים שונים של נתונים גנומיים, כולל שימוש בשיטות למידת מכונה.

2022: איל ודניאל בשבתון

29/1-2/2/2023: From genome to metabolism
סדנא שתתמקד בשימוש בפלטפורמה של BioCyc להסקת רשתות מטאבוליות ובניה של מודלים מטאבוליים.

17-21/3/2024: Workshop on population genomics
סדנא על שימוש בשיטות ריצוף גנומי של דוגמאות מאוכלוסיות ואנליזות של גנטיקה (גנומיקה) של אוכלוסיות.

* לפרטים ניתן לפנות לאיל פריבמן ודניאל שר.